Harun Güngör, 1950 yılında Kayseri’nin Sarıoğlan ilçesine bağlı Üzerlik köyünde doğmuştur (kayıtlarda 1949). İlköğrenimini köyünde, orta ve lise öğrenimini yatılı olarak Kayseri İmam-Hatip Lisesi’nde tamamlamıştır. 1974 yılında Kayseri Yüksek İslam Enstitüsü’nden mezun olmuş, 1973 yılında Nuran Hanım ile evlenmiştir. Bu evlilikten Afşin (1974) ve Sancar (1977) adında iki oğlu olmuştur.
Askerliğini İstanbul Rumeli Kavağı Deniz Piyade Okulu’nda asteğmen olarak yaptıktan sonra Sarıyer İmam-Hatip Lisesi’nde meslek dersleri öğretmeni olarak görev yapmıştır. 1982 yılında Ankara Üniversitesi İlahiyat Fakültesi’nde Prof. Dr. Hikmet Tanyu danışmanlığında hazırladığı “Gagauzların Dini İnanışları Üzerine Bir Araştırma” adlı teziyle doktor unvanını almıştır.
1983 yılında Erciyes Üniversitesi İlahiyat Fakültesi Dinler Tarihi Anabilim Dalı’na Yardımcı Doçent olarak atanmış; 1988’de Doçent, 1994’te Profesör olmuştur. Fakültede bir süre dekan yardımcılığı görevinde bulunmuş, 1986’da Vatikan Misyoloji Enstitüsünde araştırmalarda bulunmuştur. Japonya’dan Portekiz’e kadar birçok uluslararası kongrede bildiriler sunmuştur. 1999–2010 yılları arasında Kırgızistan, Kazakistan ve diğer Türk Cumhuriyetlerinde çeşitli üniversitelerde konuk öğretim üyesi ve yönetici olarak görev yapmış; Kırgızistan Celalabat İktisat ve Girişimcilik Üniversitesi Eğitim Fakültesi Dekanlığı’nı yürütmüştür.
Prof. Güngör, dinler tarihi, Türk din tarihi, folklor, etnoloji ve antropoloji alanlarında çok sayıda kitap, makale ve bildiri yayımlamıştır. Fransızca ve Arapça’nın yanı sıra Kazakça ve Kırgızca gibi Türk lehçelerine de hâkimdir.